Affaltrach wurde 1262 anlässlich des Verkaufs eines Weinbergs erstmals erwähnt. Im Ort bzw. an den nach Süden geneigten Keuperhängen des Salzbergs wurde vermutlich schon seit alters her Weinbau betrieben. Der Ort war im späten 13. Jahrhundert im Besitz der Grafen von Löwenstein und der Herren von Weinsberg.

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Der Johanniterorden erwarb 1278 von Gottfried von Löwenstein Besitzungen in Affaltrach, 1289 erhielt der Orden außerdem das Patronatsrecht über die Affaltracher Kirche. Der Orden erbaute im selben Jahr ein erstes Kommendehaus an der Stelle des heutigen Schlosses. Die Kommende Affaltrach gehörte zunächst zur Niederlassung des Johanniterordens in Schwäbisch Hall und wurde später selbstständig. Nikolaus von Löwenstein erhielt am 4. Juli 1333 von Kaiser Ludwig IV. das Recht, sein Dorf Affaltrach zur Stadt zu erheben, das er allerdings nicht in Anspruch nahm.Das Kommendehaus wurde im 14. und 15. Jahrhundert zum Schloss ausgebaut, zwischen 1480 und 1507 auf dem heutigen Grundriss erneuert und später noch vielfach umgebaut.

Bereits am 10. Dezember 1928 war mit Willy Baumann (* 1884; † 27. Oktober 1964) ein Käufer gefunden, der im Schloss die Gründung einer Kellerei beabsichtigte. Baumann entstammte einer Gaildorfer Rotgerber- und Weinhändlerfamilie, hatte vor dem Ersten Weltkrieg in Paris ein Exporthaus für Frühgemüsespezialitäten betrieben, war nach dem Ersten Weltkrieg fünf Jahre interniert und hatte dann das elterliche Geschäft in Gaildorf übernommen. Er war seit 1923 mit Elisabeth Muth aus Guntersblum verheiratet, die einer begüterten Winzerfamilie aus Rheinhessen entstammte, die auch den Kauf des Schlosses in Affaltrach finanziell ermöglichte. Baumann gründete die Schloßkellerei Affaltrach, Willy Baumann, die 1933 in Heilbronn in das Handelsregister eingetragen wurde.

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Das Unternehmen befindet sich bis heute in dritter Generation im Familienbesitz und hat zahlreiche Preise bei württembergischen und nationalen Weinprämierungen erlangt, darunter in den 1970er Jahren mehrfach den Bundesehrenpreis der DLG. 1973 erzeugte die Kellerei einen Rekordwein mit 292 Grad Oechsle. Der Sohn und Nachfolger des Gründers, Reinhold Baumann, wurde 1976 mit dem Bundesverdienstkreuz ausgezeichnet. Thomas Baumann trat 1984 in die Firma ein und trägt heute federführend die Verantwortung für Schloss Affaltrach. Die selbst bewirtschafteten Weingüter ,Dr. Baumann' und ,Freiherr von und zu Weiler'sches Weingut' haben heute eine Rebfläche von mehr als 40 Hektar. Zusätzlich verarbeitet Schloss Affaltrach das Lesegut der ,Weingärtner Erzeugergemeinschaft Obersulm-Affaltrach e.V.', in der über 250 Mitglieder zusammengeschlossen sind und die über 300 Hektar Rebfläche in vielen bekannten Weinorten Württembergs bewirtschaften. Die Sektherstellung als Ergänzung des großen Weinsortiments wurde bereits 1936 aufgenommen und auf inzwischen 35 Sorten ausgedehnt. Neben den eigenen Marken liegt der Schwerpunkt des Sektabsatzes bei über 8.000 Eigenausstattungen für Kunden aus Industrie und Handel, dem Weinfachhandel, der gehobenen Gastronomie und Hotellerie.